Обычно так говорят о человеке, которому выпало на долю много трудностей, тяжелых испытаний. Такому теперь ничего не страшно, у него всё уже было.А в ходе этих испытаний человек приобрел ОПЫТ.
Но есть и другая версия -
В словаре Даля "Прошел огонь и воду и медные трубы, как вино". Здесь имеется ввиду "хлебное вино" - т.е. водка, которая в процессе получения должна пройти огонь (на нём кипит хлебный "затор"), воду (она охлаждает продукт), медные трубы(змеевик перегонного аппарата).