Здесь непонятно, какие именно буквы. :) Древнерусского алфавита или каких-то других? В любом случае, ответить можно так: "Главная функция букв - обозначать звуки на письме. Фонетика языка, как и все остальные его аспекты, непрерывно изменяется, и некоторые звуки со временем исчезают из языка. Следовательно, и буквы, обозначающие эти звуки, становились не нужны".