Первичный ключ служит в первую очередь для придания уникальности каждой строке таблицы. Также используя первичные ключи можно организовать связь таблиц, когда одна таблица хранит значение первичного ключа другой таблицы.
Например, есть две таблицы:
таблица 1. Магазины
поле ID - первичный ключ (целое, автоинкремент);
поле Name - наименование (строка)
таблица 2. Товары
поле ID - первичный ключ (целое, автоинкремент);
поле Name - наименование товара (строка);
поле Shop - номер магазина (целое)
В поле Shop таблицы Товары хранятся значения поля ID таблицы Магазины. Это называется связью таблицы Товары с таблицей Магазины по первичному ключу Один-ко-Многим (одной строке в таблице Магазины может соответствовать 0 и более записей в таблице Товары). Обозначают такую связь, как правило, так:
Товары.Shop -> Магазины.ID