Она любила его, потому что в природе Печорина было что-то особенное, свойственное только ему, что-то таинственное. В нём зло выглядело привлекательно, он был истинно несчастлив (не играл роль), никто больше не мог так хотеть быть любимым.
Причины любви Веры к Печорину можно найти в прощальном письме Веры (если быть точнее во 2 абзаце), где она в последний раз раскрывает ему свою душу, свои мысли, признаётся ему в любви.