Атом - это мельчайшая неделимая частица вещества. При этом под "неделимая", подразумевается неделимая химическими способами. Понятно что сам атом состоит из ядра и электронов (ядро из протонов и нейтронов и т.д.), и при желании это все можно "разобрать". Но уже не средствами химии.
Молекула - это мельчайшая частица вещества, сохранающая все химические свойства этого самого вещества. Разницу уловил? При этом молекула может состоять как из нескольких атомов, так и из одного (как, к примеру, у инертных газов).