Если я правильно понял вопрос.
То...скажу следующим образом:
Потому что, если они отмечены разными цветами на карте то человеку легче зрительно их различать. А если бы они были одного цвета то можно было бы запутаться в куче названий и мы бы затратили гораздо больше времени на поиски нужного нам населённого пункта.