Повість складається з 3 частин, бо Р. Бах показав 3 ступені духовного вдосконалення Джонатана.
1- усвідомлення ідеї свободи;
2- досягнення досконалості;
3-прагнення поділитися знанням вищої істини з учнями, щоб вони також втілили ідею Великої Чайки – всеосяжну ідею свободи.